Fundacja Pogranicze powstała w maju 1990 roku. Jest niezależną organizacją pozarządową, nieprowadzącą działalności politycznej i gospodarczej. Działalność programowa Fundacji w całości poświęcona jest propagowaniu etosu pogranicza i budowaniu mostów pomiędzy ludźmi różnych religii, narodowości i kultur. Została założona przez grupę animatorów kultury pracujących wcześniej w teatrach „Gardzienice” (wioska Gardzienice pod Lublinem) i „Stop” (Słupsk), oraz w Ośrodku Kultury „Dąbrówka” w Poznaniu (Krzysztofa Czyżewskiego, Małgorzatę Sporek-Czyżewską) i w Gminnym Ośrodku Kultury w Czarnej Dąbrówce na Kaszubach (Wojciecha i Bożenę Szroeder).

Współpracą związali się już w drugiej połowie lat 80., organizując wspólnie każdego roku „Wioskę Spotkania. Międzynarodowe Warsztaty Kultury Alternatywnej” w Czarnej Dąbrówce. Podczas realizowanej w 1990 roku wielomiesięcznej Podróży na Wschód dotarli do Sejn. Fundacja ma swoją siedzibę w Sejnach, a jej biuro mieści się obecnie w Krasnogrudzie. Środki na swoją działalność Fundacja uzyskuje przede wszystkim z grantów przyznawanych przez różne instytucje i organizacje, a także od osób prywatnych. Fundacja ściśle współpracuje z Ośrodkiem „Pogranicze sztuk, kultur, narodów”, z którym łączy ją umowa o współpracy, opierająca się na zbieżnych celach statutowych obu instytucji.

Zarząd Fundacji:
Krzysztof Czyżewski – prezes
Bożena Szroeder – członek Zarządu
Wojciech Szroeder – członek Zarządu
Małgorzata Sporek-Czyżewska – członek Zarządu