W 1997 roku Indeks Represjonowanych dopracował swoją metodologię. Oznaczało to dla każdej grupy represjonowanych jeden alfabetyczny spis zweryfikowanych nazwisk, listę „ostateczną”, w której przy danej osobie są odnośniki do wszelkich możliwych źródeł, potwierdzających jej los. W tym czasie z „Memoriału”, a także od innych środowisk z Rosji, Litwy, Białorusi i Ukrainy zaczęły spływać takie zestawienia z archiwów posowieckich. Gdy okazało się, iż ta koncepcja się broni, postanowiliśmy poszerzyć skalę działań.

Poparło nas Ministerstwo Sprawiedliwości, dzięki czemu w 1997 roku Komitet Badań Naukowych dofinansował opracowany przez nas trzyletni projekt badawczy, wprowadzający w życie nową metodologię „Indeksu”. Fundacja na rzecz Nauki Polskiej zgodziła się pokryć koszty kwerend na Wschodzie, a więc mogliśmy opłacać pracę naszych partnerów (głównie w NIPC „Memoriał”). Trzyletni etap miała zamknąć ekspertyza podsumowująca wiedzę o obywatelach polskich represjonowanych w ZSRR.

W miarę postępujących prac okazywało się, że – wbrew dość rozpowszechnionej opinii sceptyków – możliwe jest choćby podstawowe udokumentowanie losów znaczącej części polskich obywateli represjonowanych w ZSRR.