Misją Ośrodka jest organizacja i wspieranie badań nad dziejami Ormian polskich w kontekście historii Polski i Armenii, tworzenie instrumentarium badawczego w tym zakresie tematycznym, promocja badań polskich i wymiana doświadczeń ze środowiskami naukowymi na świecie zajmującymi się podobnymi tematami, a także wsparcie przedsięwzięć badawczych młodych uczonych.